Certains cosubstrats liquides peuvent être utilisés dans les STEP. Ceux-ci doivent toutefois satisfaire des conditions spécifiques:

• Les cosubstrats doivent être adaptés au pompage (teneur en MS d'environ 6%).
• Les cosubstrats ne doivent contenir aucun élément indésirable (pierres, longues fibres, etc.).
• Les cosubstrats très gras doivent être chauffés.
• Les graisses doivent pouvoir être émulsionnées. Lors de l'introduction des déchets dans le digesteur, ceux-ci doivent avoir la même consistance et température que les boues.

Ceci nécessite une phase de préparation. Une STEP pratiquant la codigestion doit s'équiper des postes suivants: réception des déchets avec contrôle de la livraison et  saisie des quantité, préparation des déchets avec stockage, pré-broyage, séparation des éléments indésirables, broyage fin, stockage tampon.

De plus amples informations sont disponibles sur le site de l'OFEN.